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前情提要 上期的推文VlnPlot结果及常用参数浅析整理介绍了一下小提琴图可视化marker基因,在结尾简单介绍了一下可用于美化可视化结果的参数。 图片 这期我们就一起来使用一下这些参数,绘制更好看的小提琴图叭! 分析数据简介 因为分析中需要用到分组信息,而pbmc3k的数据集是单个样品,没有包含分组信息。所以这期的示例数据换为ifnb.SeuratData的数据集 建站客服QQ:88888888 ifnb.SeuratData数据降维聚类分群的内容见推文——ifnb数据集分析及注释对比 最后
❝ 3、付费文章集合有打包价哦! 详情请联系作者: 建站客服QQ:88888888 ❞ 前面我们做了一个Split小提琴图的函数(ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数))。有小伙伴在实践中提出了问题,就是横坐标细胞类型celltype的顺序是默认排列的,怎么按照自己的要求进行排序,询问修改函数的方式。其实这个问题是VlnPlot做的通用问题,和这个函数无关。我们首先做一个图: library(Seurat)library(dittoSeq)library(ggplot2)l
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